Podobnie jak system celkowy, system milczenia oparty był na klasycznej szkole kryminologii, w której podstawowym celem pozbawienia wolności było karanie za popełnione przestępstwo, ciężka praca i pokuta. System auburnski oparty był na izolacji więźniów w indywidualnych celach jedynie w nocy. W dzień przebywali oni we wspólnych pomieszczeniach: jadalni, spacerniaku, świetlicy, warsztacie. Tam wykonywali wspólnie pracę i spożywali posiłki. W niedzielę nie pracowali, lecz uczęszczali na nabożeństwo w kaplicy, po czym wracali do cel, gdzie mieli się oddawać czytaniu Biblii. Więźniowie ubrani byli w specjalne uniformy – pasiaki.
Więźniowie mogli się stykać między sobą, jednak zabroniona była wszelka komunikacja. W celu przeciwdziałania demoralizacji obowiązywał ich jednak całkowity zakaz porozumiewania się. Wprowadzono uniformy więzienne (pasiaki i specjalny rodzaj przemarszu więźniów w kolumnie (). System milczenia stosowany był dłużej od systemu celkowego (do początków XX w.)
System progresywny