Arcybiskup Chryzostom protestował przeciwko temu rozwiązaniu, podobnie jak przeciwko decyzjom władz o konfiskacie majątków kościelnych, zakazie wstępowania do monasterów kobiet poniżej 40 roku życia oraz zobowiązaniu biskupów do uzyskiwania zezwoleń na wyjazdy poza granice swojej eparchii.
W 1923 Święty Synod przyjął reformę kalendarza liturgicznego używanego w Greckim Kościele Prawosławnym, rezygnując z kalendarza juliańskiego na rzecz gregoriańskiego, z zachowaniem dotychczasowych zasad ustalania daty Wielkanocy. Arcybiskup Chryzostom popierał tego typu zmiany. Zmiana kalendarza wywołała otwarty konflikt między jej zwolennikami i przeciwnikami (starokalendarzowcami), którzy utworzyli Wspólnotę Prawdziwych Chrześcijan Prawosławnych. W 1927 jeden z jej wiernych zaatakował nożyczkami arcybiskupa Chryzostoma, usiłując obciąć mu brodę i kilkakrotnie go raniąc.
Do kwestii ustroju Kościoła powrócono w 1929. Po pracach komisji złożonej z trzech biskupów i trzech profesorów teologii uchwalony został statut powtarzający główne założenia analogicznego dokumentu sprzed ośmiu lat.
W 1935 arcybiskup Chryzostom, razem z czterema innymi hierarchami, został oskarżony o wspieranie nieudanego zamachu stanu Eleftheriosa Wenizelosa. Wbrew żądaniom rojalistów nie odszedł jednak z urzędu.