Do Italii powrócił w 1250.
Za generalatu Jana z Parmy miał miejsce konflikt pomiędzy wykładowcami katedr uniwersyteckich w Paryżu. Z jednej strony stali franciszkanie z dominikanami po drugiej zaś przedstawiciele kleru diecezjalnego i inni wykładowcy. Do zaostrzenia doszło po publikacji w 1254 dziełka Liber introductorius in Evangelium aeternum franciszkanina Gerarda z Borgo San Donnino. Było przesiąknięte tezami Joachima z Fiore. Dzieło potępił 25 października 1255 papież Aleksander IV. Jan z Parmy był znany z sympatii do niektórych poglądów Joachima. Nigdy nie był tak zuchwały w swym nauczaniu jak Gerard, uznawał jednak eschatologiczną rolę św. Franciszka jako anioła szóstej pieczęci, który zapoczątkowywał trzeci stan w dziejach świataPor. Ap 7,2.. Papież zachęcił Jana do rezygnacji z urzędu. Miało to miejsce podczas kapituły generalnej w bazylice Matki Bożej Ołtarza Niebiańskiego w Rzymie w 1257. Na swojego następcę Jan wskazał Bonawenturę z Bagnoreggio. Nowy generał powołał komisję, która miała zbadać czy oskarżenia Jana o joachimizm są słuszne. Przed karą dożywotniego więzienia obronił go kard. Ottobono Fieschi, przyszły papież Hadrian V. Przez następnych trzydzieści lat Jan mieszkał w pustelni franciszkańskiej w Greccio. Dwukrotnie papieże nosili się z zamiarem wyniesienia go do godności kardynalskiej.