Prace przy wystroju wnętrza trwały do 1700 r. i brali w nich udział twórcy wiedeńscy, włoscy i miejscowi. Wykonana została wtedy bogata dekoracja stiukowa sklepienia, którą stworzyli włoscy twórcy Giovanni Battista Rosso i Giacomo Tornini, a także malowidła na sklepieniu ze scenami z życia św. Jana Chrzciciela, które zostały wykonane przez Włocha Pietro Antonio Contiego i wiedeńskiego malarza E. J. Grubera. Ozdobą świątyni jest jednak monumentalny ołtarz główny, wykonany z drewna w latach 1637–1640, w budowie którego oprócz rzeźbiarzy wiedeńskich Baltazara Knillinga i W. Knotha uczestniczyli również Veit Stadler z Trnawy oraz mistrz Ferdynand z Cífera. Ołtarz ma wysokość 20,3 m i szerokość 14,8 m. Jest jednym z największych drewnianych ołtarzy w Europie. W ołtarzu umieszczony jest obraz ukazujący Chrzest Pański.
Od 1977 r. świątynia uniwersytecka jest katedrą metropolity archidiecezji bratysławsko-trnawskiej (od 2008 r. archidiecezji trnawskiej).
W 2003 r. świątynię odwiedził papież Jan Paweł II.
W krypcie katedry został 18 października 2006 r.