Życie osób LGBT w kraju Kontakty seksualne z osobami tej samej płci były nielegalne w ZSRR, aczkolwiek sytuacja w Estonii była lepsza niż w pozostałych częściach byłego Związku Radzieckiego. W połowie lat osiemdziesiątych XX wieku w Tallinnie funkcjonował jeden nieoficjalny gejowski lokal. Pierwsza konferencja zorganizowana dla mniejszości seksualnych miała miejsce w 1990. W tym samym roku zostało założone Estońskie Stowarzyszenie Lesbijek (Eesti Lesbiliit)Loe, kus, kohtusid geid nõukogude ajal.
Od 2004 w Tallinnie organizowane są parady mniejszości seksualnych.
W czerwcu 2006 Ambasador Holandii w Estonii, Hans Glaubitz, zwrócił się z prośbą o przeniesienie do Konsulatu w Montrealu w Kanadzie, z powodu ciągłych homofobicznych i rasistowskich słownych ataków kierowanych pod adresem jego partnera, kubańskiego tancerza Raúla Garcíi Lao, w estońskiej stolicy. Estońskie władze wydały oświadczenie, w którym wyraziły żal z powodu zaistniałych sytuacjiAmbassador quits Estonia over gay abuse.
W 2006 grupa skinheadów uzbrojonych w kije bejsbolowe i kamienie zaatakowała odbywającą się w Tallinnie paradę mniejszości seksualnych, w której uczestniczyło około 500 osób z Estonii, Litwy, Łotwy i Finlandii.