Zweryfikowany w stopniu pułkownika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 roku w korpusie oficerów sanitarnych, w grupie lekarzy. W 1934 roku, jako oficer pospolitego ruszenia pozostawał na ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Poznań Miasto z przydziałem mobilizacyjnym do Kadry Zapasowej 4 Szpitala Okręgowego w Łodzi.
W czerwcu 1939 wysłano wniosek o mianowanie go profesorem tytularnym chirurgii i w 1945 otrzymał nominację. We wrześniu 1939 na polecenie władz wojskowych jako jedyny chirurg pozostał w szpitalu. Osadzony w Forcie VII za kontynuowanie działalności dydaktycznej we wrześniu i październiku 1939 oraz za udział w powstaniu wielkopolskim. Został zwolniony i od czerwca 1940 w Ostrowcu Świętokrzyskim, Skarżysku i Radomiu pracował w szpitalu, a następnie w filii Tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich w Kielcach. Do Poznania powrócił w 1945 i w Szpitalu Miejskim podjął działalność chirurgiczną i dydaktyczną.
Uchodził za znakomitego chirurga praktyka o olbrzymim doświadczeniu klinicznym i wykształcił około dwudziestu wybitnych chirurgów. Zmarł 26 kwietnia 1952 w Poznaniu. Pochowany na Cmentarzu Junikowskim w Poznaniu (pole 6, kwatera 3-12)Kazimierz Nowakowski – miejsce pochówku na Junikowie w Poznaniu [dostęp z dnia: 2020-07-04]. Jego osobę upamiętnia w Poznaniu Głaz Kazimierza Nowakowskiego. mały|Grób prof.