Po upadku powstania został zesłany do Kostromy. Zwolniony z niewoli w 1833, powrócił w Lubelskie, do Samoklęsk, które zakupił od Czartoryskich w 1824. Zmarł tam, pochowany został w przykościelnej kaplicy rodowej w Kamionce. Pamiętnik generała Jana Weyssenhoffa z portretem autora wydał Józef Weyssenhoff, Warszawa: Gebethner i Wolff; Kraków: G. Gebethner i Spółka, 1904.
Odznaczenia Był odznaczony Legią Honorową IV i V klasyWaldemar Karczmarczyk: Jan Weyssenhoff (1774-1848), napoleon.org.pl, Orderem Virtuti Militari III klasy, Orderem Żelaznej Korony III klasy, Orderu Świętej Anny I klasy, Orderu Świętego Włodzimierza II klasyXsięga pamiątkowa w 50-letnią rocznicę powstania roku 1830 zawierająca spis imienny dowódzców i sztabs-oficerów, tudzież oficerów, podoficerów i żołnierzy Armii Polskiej w tymż roku Krzyżem Wojskowym „Virtuti Militari” ozdobionych, Lwów 1881, s. 1.. W Królestwie Kongresowym został kawalerem Orderu Świętego Stanisława I klasy w 1819 rokuStanisław Łoza, Kawalerowie orderu św. Stanisława (1. XII. 1815-29. XI. 1830), w: Miesięcznik Heraldyczny, nr 5, r. IX, Warszawa, sierpień 1930, s. 98..