W owym czasie Gerszon Zak rozpoczął tworzenie grupy sabotażowej sił specjalnych marynarki i wezwał do niej Ben-Nuna. Został jej dowódcą. Jednostka otrzymała włoskie motorówki, które można było uzbroić w 250 kg materiałów wybuchowych i wbić się w duże statki wywołując eksplozję. Załoga motorówki wyskakiwała do morza w odległości około 100 metrów od celu. Do tego typu działań przygotowano cztery motorówki, które przewożono na rufie statku INS Ma'oz. Dodatkowo w zespole znajdowała się motorówka ratownicza, która miała pobrać z morza sabotażystów. Pierwszą operacją było zatopienie egipskiego okrętu Emir Farouk wieczorem 22 października 1948. Za ten czyn Ben-Nun został odznaczony medalem Bohatera Izraela i medalem za Dzielność.

W styczniu 1950 został dowódca jednostki sił specjalnych Shayetet 13, stacjonującej w Atlit. W 1950 wysłano go na studia do Stanów Zjednoczonych. W 1954 ukończył inżynierię i architekturę na Massachusetts Institute of Technology. W styczniu 1956 został wysłany do Wielkiej Brytanii, by przejąć dowodzenie niszczycielem INS „Jafo”. Na wiosnę przyprowadził okręt do Izraela. Podczas kryzysu sueskiego uczestniczył w przechwyceniu egipskiego niszczyciela „Ibrahim el Awal” (później INS „Haifa”).