Do końca 1945 roku pełnił obowiązki zastępcy szefa Naval Personnel, w Waszyngtonie, a następnie dowódcy grupy pancerników i krążowników Floty Atlantyku, by w lutym 1950 roku zostać dowódcą tej formacji.
W sierpniu 1951 roku admirał Fechteler został mianowany szefem operacji morskich, które to stanowisko objął po śmierci admirała Forresta Shermana. Jako CNO Fechteler był odpowiedzialny za działania floty US Navy na Dalekim Wschodzie podczas wojny koreańskiej i w Europie. W latach 1951–1952 odbył dwie podróże transatlantyckie i jedną do Azji. Kontynuował – w obliczu narastającego kryzysu ekonomicznego – rozbudowę floty, zwłaszcza lotniskowców, a ponadto pracował nad zwiększeniem uposażeń i świadczeń dla personelu US Navy.
Gdy prezydentem został w roku 1953 Dwight Eisenhower, nowa administracja postanowiła wymienić wszystkich dowódców sił zbrojnych Stanów Zjednoczonych. Admirała Fechtelera w sierpniu 1954 roku zastąpił nowy CNO, admirał Robert B. Carney, on zaś został dowódcą sił alianckich w południowej Europie. Do roku 1956, kiedy odszedł na emeryturę, pracował w swej kwaterze w Neapolu.