Funkcjonowanie świątyni w Imperium Rosyjskim Cerkiew św. Jana Teologa była początkowo siedzibą parafii wojskowej. Oznaczało to, że nabożeństwa w niej odprawiali kapelani poszczególnych oddziałów armii rosyjskiej, nie było stałego proboszcza. Za utrzymanie obiektu w szczególny sposób odpowiadał kapelan Pogoniałow. W okresach, gdy w Chełmie nie było żołnierzy (np. w okresie powstania styczniowego), nabożeństwa się nie odbywały. Sytuacja taka wynikała z faktu, że w Chełmie nie było w tym okresie prawie żadnych wyznawców prawosławia, a jedynie unici. Jednak budowa świątyni prawosławnej w niewielkiej odległości od katedry unickiej była jasną sugestią dalszych zamiarów władz carskich względem katolików obrządku wschodniegoW 1875 władze carskie zlikwidowały unicką diecezję chełmską. Wszyscy unici zostali automatycznie administracyjnie zaliczeni w poczet wyznawców prawosławia.. Władze rosyjskie miały również nadzieję na to, że unici będą odwiedzać cerkiew, a jej wygląd i bogate wyposażenie wywołają u nich pozytywne odczucia względem prawosławia.