Funkcjonowanie świątyni w niepodległej Polsce mały|Widok cerkwi w 1919 W pierwszych latach po odzyskaniu niepodległości przez Polskę społeczność prawosławna w Chełmie straciła niemal wszystkie świątynie, jakie posiadała pod rządami carów. Cerkwie prawosławne urządzone w dawnych kościołach katolickich lub cerkwiach unickich przejął Kościół łacińskiMowa o soborze Narodzenia Matki Bożej, byłej katedrze unickiej, którą przejął Kościół rzymskokatolicki, cerkwi św. Mikołaja przy dawnym seminarium unickim oraz o cerkwi św. Barbary urządzonej w dawnym kościele franciszkanów., natomiast trzy świątynie wzniesione od podstaw w okresie zaborów zostały zburzone (cerkiew Świętych Cyryla i Metodego, cerkiew Świętych Aleksego, Piotra, Jonasza i Filipa, niedokończona cerkiew św. Paraskiewy). Cerkiew św. Jana Teologa była jedynym prawosławnym obiektem sakralnym, jaki pozostał w rękach wiernych. Do niej przeniesiono kopię Chełmskiej Ikonę Matki Bożej (oryginał został wywieziony do Rosji w czasie bieżeństwa) i to w niej odbywały się główne doroczne uroczystości ku jej czci.