Wynikiem takich obliczeń jest poznanie struktury elektronowej cząsteczki dla danego położenia jąder.
Ponieważ dla zdecydowanej większości układów nie istnieje analityczne rozwiązanie elektronowego równania Schrödingera, chemia kwantowa rozwinęła całą paletę metod mających na celu jak najdokładniejsze rozwiązanie tego równania w sposób przybliżony.
Obecnie używane metody chemii kwantowej można podzielić na kilka grup: Metody ab initio, oparte na formalizmie wykorzystującym funkcje falowe, metody DFT, oparte na gęstości elektronowej stanu podstawowego, metody półempiryczne, oparte na formalizmie kwantowym z parametrami doświadczalnymi.
Symulacje dynamiki molekularnej Drugim krokiem, po zastosowaniu przybliżenia Borna-Oppenheimera, jest rozwiązywanie równania Schrödingera z hamiltonianem opisującym ruch jąder z potencjałem oddziaływania uzyskanym w obliczeniach struktury elektronowej. Wynikiem takich obliczeń jest poznanie kwantowej dynamiki molekularnej.
Na tym etapie można zbadać zarówno strukturę stanów rowibracyjnych cząsteczki, jak również przeprowadzić symulacje zależnej od czasu dynamiki opisującej np.