Mimo że jest to już trzeci rok wojny, narzeka na brak doświadczonych marynarzy, spoglądając z rezerwą na młodych, którzy zachłyśnięci są ideologią hitlerowską.
W trwającym 149 minut filmie (w wersji reżyserskiej 209 min, wersja „uncut” 293 min) przedstawiona jest walka załogi z nudą i monotonią panującą na okręcie w czasie bezczynności i patrolowania, jak również entuzjazm podczas atakowania wrogich konwojów. Fabuła filmu nabiera dramaturgii, gdy kapitan otrzymuje zadanie przedostania się do portu La Spezia we Włoszech przez Cieśninę Gibraltarską patrolowaną przez alianckie okręty. Pobiera zaopatrzenie w hiszpańskim porcie Vigo z internowanej niemieckiej jednostki handlowej. Tytułowy okręt U-96, w czasie próby przejścia cieśniny zostaje jednak bardzo ciężko uszkodzony i prawie zatopiony. Po wielogodzinnych wysiłkach załogi udaje mu się jednak wynurzyć na powierzchnię i dopłynąć do bazy U-bootów w La Rochelle we Francji. Film kończy scena nalotu na port, w którym cumuje U-96. Okręt tonie trafiony bombami.