muru pruskiego według projektu Wacława Szuszkiewicza.
Budynek dworca ucierpiał w wyniku pożaru w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939.
Budynek dworca spłonął (bądź został rozebrany) pomiędzy lipcem 1944 a jesienią 1945 r. Jedynym jego reliktem jest budynek magazynowy znajdujący się w kompleksie budynków Dyrekcji Kolei Państwowych, przy ogrodzeniu od strony al. „Solidarności”.
W roku 1949, w związku z budową trasy W-Z do ul. Radzymińskiej i koniecznością wyeliminowania skrętu do stacji Stalowa, przedłużono tu linię kolei wąskotorowej radzymińskiej, której stacja końcowa miała nazwę Warszawa Targowa. Ulica, a następnie trasa W-Z, została przebita przez teren torów pasażerskich początkowego Dworca Wileńskiego, a ruch pasażerski przeniesiono na dawne tory towarowe. Zburzono wtedy część prowizorycznego dworca. Ciasny budynek dworca przetrwał jednak wiele lat, a swój żywot skończył w latach 50. XX wieku. Wtedy właśnie zaadaptowano na dworzec dawne budynki magazynowe znajdujące się po drugiej stronie torów kolejowych od strony ulicy Białostockiej. W tej formie dworzec-barak przetrwał do 2000 r., kiedy to zaczęła się budowa centrum handlowego, którego integralnym elementem miał stać się nowy dworzec.