11 czerwca 1999 r. Jan Paweł II poświęcił nowy gmach Biblioteki a 15 grudnia 1999 r., po pięciomiesięcznej przeprowadzce, Biblioteka została otwarta dla czytelników w nowej siedzibie na rogu ulic Dobrej i Lipowej.
15 czerwca 2001 r. prezydent USA George W. Bush wygłosił w nowym gmachu przemówienie do społeczności UW i mieszkańców Warszawy.
W listopadzie 2018 roku jako pierwsza w Polsce Biblioteka wprowadziła nowy model zakupu książek elektronicznych, wprowadzając nową nazwę „Zakup Decyzją Czytelnika”.
Dyrektorzy Samuel Bogumił Linde (1817–1836) Tomasz Dziekoński (1836–1839) Nikołaj Filipow (1839–1846) Paweł Zaorski (1846–1849) Kazimierz Sumiński (1849–1863) Adam Jakubowski (1863–1867) Józef Przyborowski Nikołaj Pawłowicz Barsow (1871–1888) Sergiej Iwanowicz Wiechow (1888–1914) Walerij Pogoriełow (1914–1915) Stanisław Poniatowski (1915–1919) Zygmunt Batowski (1919–1929) Stefan Rygiel (1929–1936) Andrzej Tretiak (1936 kurator) Wacław Borowy (1936–1938) Bolesław Olszewicz (1938–1939) Adam Lewak (1939–1940, 1945–1956) Wilhelm Witte (1940–1944) Jan Baculewski (1956–1982) Radosław Cybulski (1982–1987) Jadwiga Krajewska (1987–1992) Henryk Hollender (1992–2003) (2003–2013) Jolanta Talbierska (2013–2018) Anna Wołodko (2018–2023) p.o.