12 czerwca 1909 r. sprowadzono jego zwłoki do Bydgoszczy. Pogrzeb, w którym brały udział wielkie tłumy bydgoszczan, odbył się w niedzielę 13 czerwca 1909 r. Pochowany został w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Starofarnym.

Rodzina Był żonaty z Haliną z Mayów (1883–1973). Miał dzieci: Sławutę Marię (1906-1996) i Przemysława (1908–1939), tenisistę i dziennikarza.

Upamiętnienie Imię Emila Warmińskiego nosi ulica w Śródmieściu Bydgoszczy, a także poświęcono mu liczne tablice pamiątkowe i popiersia. Pierwszą tablicę pamiątkową ufundowaną przez TG „Sokół” wmurowano w 1936 r. w ścianę domu przy ul. Warmińskiego 11. Po jej zniszczeniu przez hitlerowców, Towarzystwo Śpiewacze „Halka” ufundowało nową, którą wmurowano w dawnym miejscu i odsłonięto 14 czerwca 1958 r., w 75-lecie towarzystwa. Tablica ta znajdowała się w tym miejscu do rozbiórki budynku w lutym 2019Zapomniana tablica Warmińskiego nie zostanie zniszczona w czasie wyburzeń pod nowe osiedleTablica Warmińskiego zdemontowana. Czeka na wyeksponowanie. W 1959 r. kolejną tablicę pamiątkową umieszczono na froncie gmachu szkolnego, gdzie niegdyś się uczył przy placu Wolności 9. Od 30 grudnia 1959 r. jego imię nosi Szpital Miejski w Bydgoszczy. 12 grudnia 1986 r. imię Emila Warmińskiego nadano Zespołowi Szkół Medycznych w Bydgoszczy przy ul. Swarzewskiej 10.