Zmarł 18 grudnia 1917 na zapalenie nerek powikłane mocznicą. W dniu pochówku studenci przenieśli trumnę z UW do szpitala Karola i Marii (Leszno 136). Został pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu w Mikołajewie koło Skotnik. Na uroczystości pogrzebowej w imieniu studentów przemawiał Leszek Serafinowicz (późniejszy Jan Lechoń)Robert Gawkowski. Poczet rektorów UW: Józef Brudziński – pierwszy rektor odrodzonej uczelni. Uniwersytet Warszawski s. 38 (kwiecień 2008) PDF., głos zabrał również rektor Antoni Kostanecki. Na nagrobku zamieszczono napis:
Budował w dniach zamętu i zwątpienia Sercem gorącym obejmował Wczoraj, Dziś i Jutro Narodu.
Wspomnienia pośmiertne napisali Marceli HandelsmanHandelsman M. † Józef Brudziński. Świat 13 (1), s. 6 (5.1.1918)., Anders, Korybut-Daszkiewicz i Władysław Szejnach, artykuł redakcyjny ukazał się w Przeglądzie Lekarskim. W 10. rocznicę śmierci odbyła się akademia na Uniwersytecie Warszawskim na jego cześćAkademia ku uczczeniu pamięci Rektora Józefa Brudzińskiego w X rocznicę Jego śmierci. Pediatria Polska 8, s. 92 (1928).. Koledzy z Uniwersytetu Moskiewskiego ufundowali pamiątkowy kamień w Ogrodzie Botanicznym w WarszawieRajter-Leontiew Z. Józef Polikarp Brudziński. [W:] Krawczyk M (red.) Złota Księga Medycyny Warszawskiej. Warszawski Uniwersytet Medyczny, Warszawa 2009 s.