W 2006 ukazała się pierwsza samodzielna książka Moorhouse’a, pt. Polowanie na Hitlera, poświęcona szeregowi planowanych i podjętych zamachów na życie przywódcy III Rzeszy. Publikacja okazała się komercyjnym sukcesem i została przetłumaczona na wiele języków, w tym między innymi niemiecki, hiszpański, włoski, japoński oraz polski.
Kolejna książka Moorhouse’a – Stolica Hitlera – stanowi pracę z zakresu historii społecznej, poświęconą życiu w Berlinie podczas II wojny światowej. Publikacja, wydana w wersji oryginalnej w 2010, zebrała wiele pozytywnych recenzji, między innymi w „Financial Timesie”, „Daily Telegraph” oraz „American Spectator Magazine”Zob. np. Andrew Roberts, Battle for Berlin, „Financial Times”, 7 sierpnia 2010.. Nominowano ją również do nagrody historycznej Hessell-Tiltman PrizeZob. English Pen..
W 2014 ukazała się publikacja Rogera Moorhouse’a Pakt Diabłów. Sojusz Hitlera i Stalina.