Wkrótce potem Grzegorz XII złamał inne zobowiązanie zawarte na konklawe, które ograniczało jego nominacje kardynalskie – wbrew przyrzeczeniu, zapowiedział cztery nominacje, co spowodowało, że opuścili go prawie wszyscy jego kardynałowie (prócz trzech) i zawarli porozumienie z kardynałami Benedykta XIII.
Zjednoczeni kardynałowie zorganizowali, wraz z miejscową szlachtą, sobór w Pizie trwający od 25 marca do 7 sierpnia 1409 roku. Ustalono na nim, że zarówno papież, jak i antypapież są heretykami i zdetronizowano ich. 26 czerwca wybrano Aleksandra V. Grzegorz XII i Benedykt XIII soboru nie uznali, co przyczyniło się do pogłębienia schizmy.
Grzegorz XII zwołał synod w Cividale del Friuli koło Akwilei, na którym ekskomunikował swoich konkurentów – Benedykta XIII i Aleksandra V. Wkrótce potem zbiegł w przebraniu do Gaety. 3 maja 1410 roku antypapież Aleksander V zmarł, a jego następcą został Jan XXIII, który wraz z królem Niemiec Zygmuntem Luksemburskim zwołał w XVI sobór powszechny w Konstancji. Papież Grzegorz XII i antypapież Benedykt XIII wysłali na niego swoich legatów, a antypapież Jan XXIII, jako organizator, stawił się osobiście.