1 października 1924 r. Zenker został awansowany na Naczelnego Dowódcę Marynarki Rzeszy (Reichsmarine). Podczas swojego urzędowania dążył do umocnienia formacji osłabionej zawirowaniami rewolucyjnymi roku 1918 i ograniczeniami narzuconymi traktatem wersalskim. Składał liczne zamówienia na większe typy okrętów, a także rozpoczął debatę na temat konieczności zakupu pancerników. Jednocześnie oprócz oficjalnych zamówień publicznych, poczynił tajne plany zbrojeniowe, których ujawnienie w ramach tzw. afery Lohmanna, doprowadziło do jego dymisji we wrześniu 1928 r. przez ministra obrony Wilhelma Groenera.
Ostatnie lata życia spędził w dolnosaksońskim Osterode am Harz. Jego syn, Karl-Adolf Zenker, był inspektorem marynarki zachodnioniemieckiej w latach 1961–1967.
Odznaczenia Odznaczenia adm. Zenkera to między innymi: Order Orła Czerwonego IV klasy z koroną Order Królewski Korony II klasy z mieczami Kawaler Orderu Hohenzollernów z mieczami Krzyż Żelazny I klasy Odznaka za Służbę Wojskową Kawaler II klasy Orderu Lwa Zeryngeńskiego (Badenia) Oficer Orderu Zasługi Wojskowej z mieczami (Bawaria) Krzyż Zasługi Orderu Zasługi Filipa Wspaniałomyślnego (Hesja) Krzyż Fryderyka Augusta II klasy (Oldenburg) Komandor II klasy Orderu Alberta z mieczami (Saksonia) Komandor II klasy Orderu