14 września 1943 roku zawała małżeństwo z Andrzejem Rudzińskim, również żołnierzem AK. thumb|Warszawiacy oczekujący na selekcję w Dulag 121 Pruszków. Na początku 1944 roku w kierownictwie „Zagrody” znalazł się agent Gestapo (ps. Jarach) – nastąpiły aresztowania, osoby zdekonspirowane wyjechały poza Warszawę. Helena Rudzińska nie została rozpoznana i nadal, w znacznie osłabionym zespole, prowadziła dział łączności. Po wybuchu powstania była kierownikiem łączników oraz zastępcą kierownika kancelarii batalionu szturmowego kpt. Kazimierza Bilskiego. Niedługo przed kapitulacją zachorowała na tyfus. Wyjechała z Warszawy wraz z ludnością cywilną (z matką, siostrą i jej córkami), poprzez obóz w PruszkowieAndrzej Rudziński został jeńcem w Oflag VII A Murnau (wrócił do Warszawy w 1945 roku), Emilia Malessa uciekła z transportu do obozu..
Po kilku miesiącach ukrywania się we wsi Błotna koło Koniecpola nawiązała w Krakowie kontakt z „Marcysią”. Została zwolniona z przysięgi i wróciła do Warszawy.
Za działalność w Armii Krajowej Helena Rudzińska otrzymała stopień porucznika czasu wojny.