Faza piąta trwała mniej więcej od maja do października 1943. Po brutalnym stłumieniu powstania w getcie warszawskim Niemcy postanowili wykorzystać ruiny dawnej „żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej” jako miejsce eksterminacji polskich więźniów politycznych. Praktycznie ustały wówczas wywózki do obozów koncentracyjnych, znacząco zmniejszyła się również liczba egzekucji przeprowadzanych w podwarszawskich lasach. Więźniów Pawiaka – nierzadko po zaledwie kilku- lub kilkunastodniowym śledztwie – masowo rozstrzeliwano odtąd w ruinach getta warszawskiego (przede wszystkim przy ulicach Dzielnej, Nowolipki i Zamenhofa położonych blisko Pawiaka). Regularnie odbywały się tam również egzekucje Żydów schwytanych „po aryjskiej stronie”. W efekcie w ruinach getta niemal codziennie ginęło od kilku do kilkunastu osób, chociaż miały również miejsce przypadki, kiedy w pojedynczych egzekucjach mordowano tam dziesiątki, a nawet setki Polaków i Żydów. Między innymi 29 maja 1943 w ruinach getta dokonano wielkiej masakry więźniów Pawiaka, w trakcie której śmierć poniosło około 530 osób. Egzekucja odbiła się szerokim echem w okupowanej Warszawie – to właśnie wówczas na murach miasta masowo zaczęły się pojawiać napisy „Pawiak pomścimy”. Ponadto w drugiej połowie 1943 na terenie dawnego getta (rejon ul. Gęsiej) powstał niemiecki obóz koncentracyjny – tzw.