Deuter zawierały także inne związki wodoru obecne w komecie. Jego proporcja zmieniała się zależnie od substancji, co zdaniem astronomów oznacza, że lód wchodzący w skład komety nie pochodzi z dysku protoplanetarnego, lecz z przestrzeni międzygwiazdowej. Modele teoretyczne obrazujące lód w chmurach międzygwiazdowych wskazują, że kometa Hale’a-Boppa powstawała w temperaturze 24–25 K.
Obserwacje spektroskopowe wykazały obecność w komecie związków organicznych, w tym niestwierdzonych dotychczas w kometach. Molekuły te mogą występować na kometach, bądź tworzyć się podczas reakcji w komie.
Rotacja jądra Materia gazowa wydobywała się z jądra komety w formie dżetów z różnych miejsc na jego powierzchni. Dzięki temu można było obserwować ruch obrotowy jądra i wyznaczyć czas obrotu, wynoszący 11 godzin i 46 minut.
Prawdopodobny satelita komety W pracy teoretycznej z roku 1997 argumentowano, że emisja gazów i pyłów z jądra komety Hale’a-Boppa może być całkowicie wyjaśniona przy założeniu, że wokół jądra krąży drugi składnik. Większy fragment miałby ok. 70 km, a mniejszy ok. 30 km średnicy. Obiegałyby one w odległości 180 km wspólny środek masy w czasie trzech dób.