Sezon 2009/10 3. Ligi – 2. edycja rozgrywek niemieckiej 3. Ligi w piłce nożnej.
Rozgrywki toczyły się w jednej grupie i występowało w nich 20 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrz oraz wicemistrz awansowali bezpośrednio do 2. Bundesligi, a 3. drużyna grała w barażu o awans z 16. drużyną 2. Bundesligi. Trzy ostatnie drużyny spadły do Regionalligi.
3. Fußball-Liga Drużyny W 3. Lidze w sezonie 2009/10 występowało 20 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 2008/09 Uwagi Drużyny, które spadły z 2. Bundesligi 2008/09: VfL Osnabrück Osnabrück 16. miejsce przegrał baraże z SC Paderborn 07 FC Ingolstadt 04 Ingolstadt 17. miejsce SV Wehen Wiesbaden Wiesbaden 18. miejsce Drużyny, które występowały w 3. Lidze 2008/09: SpVgg Unterhaching Unterhaching 4. miejsce Bayern Monachium II Monachium 5. miejsce Kickers Offenbach Offenbach am Main 7. miejsce SV Sandhausen Sandhausen 8. miejsce Dynamo Dresden Drezno 9. miejsce Rot-Weiss Erfurt Erfurt 10. miejsce VfB Stuttgart II Stuttgart 11. miejsce FC Erzgebirge Aue Aue 12. miejsce Eintracht Brunszwik Brunszwik 13. miejsce Wuppertaler SV Borussia Wuppertal 14. miejsce SSV Jahn Regensburg Ratyzbona 15. miejsce FC Carl Zeiss Jena Jena 16. miejsce Werder Brema II Brema 17. miejsce SV Wacker Burghausen Burghausen 18. miejsce zajął miejsce Kickers Emden * Drużyny, które awansowały z Regionalligi 2008/09: 1.