Absyda zawiera mozaiki z XIII wieku przedstawiające Marię Dziewicę z Dzieciątkiem Jezus na tronie pomiędzy św. Sebastianem i św. Chryzogonem, przypisywane szkole Pietro Cavalliniego. Ołtarz główny z XII wieku z relikwiami świętego Chryzogona. Kaplica Najświętszego Sakramentu (po prawej stronie ołtarza głównego) została wybudowana według projektów Giovanniego Lorenzo Berniniego. W kaplicy po lewej stronie ołtarza głównego znajdują się relikwie Jana z Mathy założyciela zakonu Trynitarzy.
W lewej nawie bazyliki znajdują się schody prowadzące do tzw. dolnego kościoła, odsłoniętego podczas trzech prac wykopaliskowych z lat 1907, 1914 i 1923-1924. Widoczne są tam plany układu kościołów z V i VIII wieku oraz fragmenty malowideł ściennych z różnych epok od VIII do XI wieku. Są tam m.in. freski przedstawiające świętych Benedykta, Pantaleona, Sylwestra i Katarzyny Aleksandryjskiej z połowy XI wieku. Zleceniodawca tych dzieł nie jest znany, jednak podobieństwo stylu do reform gregoriańskich z Montecassino, pozwalają przypuszczać, iż mógł być to kardynał prezbiter kościoła San Crisogono – Frederick z Lotaryngii, jak również jeden z jego następców z tytułem kardynała San CrisogonoSerena Romano, „Storie di San Bendetto e altri santi sulla parete destra della navata”, 2006, s. 86-87..