Do roku 2003 w niektórych większych miastach funkcjonowały Ośrodki Zamiejscowe NSA, obejmujące obszarem swojej właściwości jedno lub kilka województw. W dniu 11 maja 1995 r. uchwalona została nowa ustawa o NSA, która także utrzymywała model jednoinstancyjny. Obecny kształt NSA nadała reforma z 2002 roku, będąca wymogiem art. 176 ust. 1 w zw. z art. 236 ust. 2 Konstytucji.
Dawne Ośrodki Zamiejscowe NSA zostały przekształcone w wojewódzkie sądy administracyjne, orzekające w I instancji, a NSA najczęściej orzeka jako sąd II instancji.
Izby NSA W obrębie NSA występują trzy Izby: Finansowa, Gospodarcza i Ogólnoadministracyjna. Pracami każdej z Izb kieruje wiceprezes wyznaczony przez Prezesa NSA. Prezes NSA, za zgodą Kolegium NSA, tworzy i znosi wydziały w Izbach.
Finansowanie z budżetu państwa Wydatki i dochody Naczelnego Sądu Administracyjnego są realizowane w części 05 budżetu państwa − Naczelny Sąd AdministracyjnyObwieszczenie Ministra Finansów z dnia 30 czerwca 2016 r. w sprawie ogłoszenia jednolitego tekstu rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie klasyfikacji części budżetowych oraz określenia ich dysponentów ().