Partia stopniowo traciła poparcie, Rao był premierem w latach 1991–1996, ale już jego następca na stanowisku lidera partii, Sitaram Kesri, doprowadził do rekordowo niskiego wyniku wyborczego w 1998 roku.
W efekcie zdecydowano się powierzyć przewodnictwo w partii wdowie po Rajivie Gandhim, urodzonej we Włoszech Sonii Gandhi. Pod wpływem tego wyboru, od partii odłączyła się grupa nacjonalistów i utworzyła Kongres Nacjonalistyczny. Z tego powodu powrócono do używania nazwę Kongres(I), w celu podkreślenia przywiązania jego członków do politycznej tradycji dynastii Nehru-Gandhi.
W wyborach z 2004 roku INC otrzymał największą liczbę miejsc, a przewodzony przez niego sojusz 19 partii zwyciężył w wyborach. Sonię Gandhi nominowano na premiera, ale ta nie zdecydowała się na podjęcie tego urzędu i wsparła byłego ministra finansów, Manmohana Singha, który jest premierem Indii od 22 maja 2004 roku. Sonia Gandhi pozostała przewodniczącą partii.
INC posiadała 145 miejsc w 13. Lok Sabha (izbie niższej parlamentu indyjskiego) i jest siłą przewodnią rządzącej koalicji Zjednoczony Sojusz Postępowy (UPA), wspieranego przez Front Lewicowy.