Służba wojskowa Andrzej Duks zawodową służbę wojskową rozpoczął w 1985 na stanowisku dowódcy plutonu rozpoznania, a następnie dowódcy kompanii rozpoznawczej w 12 pułku zmechanizowanym w Gorzowie Wielkopolskim. Po ukończeniu AON został skierowany do Stargardu Szczecińskiego, gdzie obejmował kolejno stanowiska: starszego oficera operacyjnego (1994); szef sztabu – zastępcy dowódcy 9 pułku zmechanizowanego i 6 Brygady Kawalerii Pancernej (1995–1999). W 1999 objął w Szczecinie funkcję szefa Wydziału Współpracy Cywilno-Wojskowej (CIMIC) w 12 Dywizji Zmechanizowanej, którym był do 2001. W 2002 otrzymał przydział służbowy do Elbląga na stanowisko szefa sztabu 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej. Od 18 lipca 2004 do 1 lutego 2005 wraz z żołnierzami 16 DZ uczestniczył w III zmianie w składzie Międzynarodowych Sił Stabilizacyjnych Polskiego Kontyngentu Wojskowego w Iraku na stanowisku szefa sztabu Wielonarodowej Dywizji Centrum–Południe.