Był w gronie pracowników UJ aresztowanych w ramach Sonderaktion Krakau; więziony w Krakowie, Wrocławiu i obozach koncentracyjnych Sachsenhausen i Dachau, został zwolniony w styczniu 1941Wyrok na Uniwersytet Jagielloński, Krajowa Agencja Wydawnicza, Kraków 1989, s. 191–192, .. Uczestniczył w tajnym nauczaniu uniwersyteckim.

Powrócił do pracy na Uniwersytecie Jagiellońskim w 1945; pozostał docentem w Katedrze Historii Polski Nowożytnej i Najnowszej, w 1954 został profesorem nadzwyczajnym, w 1959 profesorem zwyczajnym. Pełnił funkcje dziekana Wydziału Filozoficzno-Historycznego (1952/1953), dwukrotnie prorektora (1953–1956, 1960–1962), rektora (od 1962). Od 1957 kierował Katedrą Historii Polski XVI–XVIII Wieku. Jako rektor nawiązał liczne kontakty z uczelniami zagranicznymi, przyczynił się do powstania filii uniwersytetu w Katowicach (1963), przewodniczył Komitetowi Jubileuszowemu 600-lecia uczelni. Wykładał dzieje reformacji i kontrreformacji, historię Pomorza Zachodniego, dzieje Wiosny Ludów na ziemiach polskich, stosunki polsko-szwedzkie;