W latach 1483–1491 jako właściciel włości łabuńskich występował Jan Łabuński, a w roku 1491 jedyną dziedziczką Łabuń została Barbara Łabuńska, żona Piotra Potockiego.
Wiek XVI Dobra mogły ulec zniszczeniu na początku XVI wieku w wyniku najazdów tatarskich, odnotowanych na tych terenach w latach 1500 i 1506, ponieważ rejestr poborowy z wykazał zaledwie 3 łany użytków w Łabuniach i Woli Łabuńskiej. Przed pół wsi, jako spadek po Katarzynie Rogali, przejął Jan Rogala, a od niego w tym roku kupił wraz z Wolą Łabuńską Stanisław Zamoyski. W 1566 roku Zamoyski zastawił swoją część wsi Łukaszowi Oleśnickiemu.
Wiek XVII Z Jarosławem Oleśnickim zapewne należy łączyć powstanie w Łabuniach zboru ariańskiego, który mieścił się w dotychczasowym drewnianym kościele. W 1605 roku Jarosław i Dorota Oleśniccy przywrócili kościół katolikom i w tym samym roku biskup chełmski Jerzy Zamoyski rekonsekrował świątynię pod wezwaniem Matki Bożej Szkaplerznej oraz św. Dominika. W 1630 roku wg rejestru podymnego wieś liczyły 30 domów. Dobra, w których leżała wieś, trafiły w posagu Doroty Leśniowolskiej do Stanisława Firleja z Dąbrowicy, do którego należały Łabunie i sąsiednia wieś Łabuńki w W tym okresie, podczas oblężenia Zamościa, Bohdan Chmielnicki rozłożył w Łabuniach swój obóz, biorąc na kwaterę tutejszy dwór Firleja.