Okres prześladowań Będąc nieugiętym wobec władzy nazistowskiej, szybko popadł w niełaskę gauleitera Tyrolu Franza Hofera. W 1940 zaprotestował przeciwko ograbianiu przez nazistów klasztoru w Innsbrucku, po wcześniejszym wypędzeniu stamtąd zakonnic. Został za to na kilka dni aresztowany. Powtórnie został aresztowany, gdy sprawę grabieży i likwidacji klasztorów nagłośnił w watykańskim radio.
Po męczeńskiej śmierci ks. Ottona Neururera opublikował nekrolog, w którym wspomniał o barbarzyństwie jakie spotkało w niemieckim obozie koncentracyjnym KL Buchenwald kapłana z jego administratury, który za udzielenie chrztu został powieszony do góry nogami, wskutek czego ks. Neururer w męczarniach zmarł. Pod koniec sierpnia 1940 roku został osadzony w niemieckich obozach koncentracyjnych KL Dachau, następnie w KL Sachsenhausen i ponownie w KL Dachau. Po interwencji został zwolniony, bez możliwości prawa powrotu do rodzinnej administratury Innsbruck-Feldkirch. 16 sierpnia 1941 na zaproszenie biskupa diecezji berlińskiej Konrada von Preysinga przyjechał do Szczecina, zamieszkał w fundacji sióstr boromeuszek, zostając kapelanem szpitalnym. Odprawiał msze św. w ich kościele, który po wojnie został przebudowany na sale szpitalne, blisko współpracował z parafią św.