Stephan Keller (ur. 31 maja 1979 w Zurychu) – szwajcarski piłkarz występujący na pozycji obrońcy, a także trener.
Kariera klubowa Keller karierę rozpoczynał w 1998 roku w pierwszoligowym klubie Grasshoppers Zurych. Przez rok w jego barwach nie zagrał jednak ani razu. W 1999 roku przeszedł do pierwszoligowego zespołu, Neuchâtel Xamax. W 2001 roku, po spadku Neuchâtel do drugiej ligi, odszedł do SC Kriens, także grającego na zapleczu ekstraklasy.
Na początku 2002 roku Keller podpisał kontrakt z pierwszoligowym FC Zürich. Na początku 2004 roku został wypożyczony do również grającego w ekstraklasie FC Aarau, gdzie grał do końca sezonu 2003/2004. W połowie 2004 roku podpisał kontrakt z niemieckim drugoligowcem, Rot-Weiß Erfurt. Spędził tam rok.
W 2005 roku Keller odszedł do holenderskiego RKC Waalwijk z Eredivisie. Zadebiutował tam 13 sierpnia 2005 roku w wygranym 2:1 pojedynku z Willem II Tilburg. 17 września 2005 roku w wygranym 2:0 spotkaniu z Heraclesem Almelo strzelił pierwszego gola w Eredivisie. W RKC spędził 2 lata.
W 2007 roku Keller przeszedł do De Graafschap, także grającego w Eredivisie. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 19 sierpnia 2007 roku przeciwko Ajaksowi (1:8). Przez 2 lata w barwach De Graafschap rozegrał 50 spotkań i zdobył 5 bramek.