wydał również Kopernikijana. Materiały do pism i żywota Mikołaja Kopernika (1873–1875, 3 tomy), zawierające przekłady dzieł Kopernika, życiorysy oraz pisma o działalności i dorobku uczonego.
Ponadto wydał Skorowidz monet polskich (opracowany przez Karla Bayera, 1880), Legenda minor de S. Stanislao martyre et pontifice e codice (1882), Żywota O. Amandusa (bł. Henryka Suso) Zakonu S. Dominika z kodeksu XVI wieku (1884), Vitae episcoporum Poloniae Jana Długosza (1887), Acta Stephani Regis (1887). Z własnych prac Polkowskiego można wymienić: O hymnach w Brewiarzu Rzymskim (1857) Droga do zbawienia. Książka do nabożeństwa dla ludu polskiego (1863) Krzysztof Stanisław Janikowski, fałszerz dokumentów (1870) Zapiski biblijograficzne o biblijotekach gdańskich (1870) Groby i pamiątki polskie w Rzymie (1870) Żywot Mikołaja Kopernika (1873) Katedra Gnieźnieńska (1874) Dawny zabytek języka polskiego w żywocie ojca Amandusa (1875) Historyja majętności łabiszyńskiej od roku 1376 (1876) Wykopalisko głębockie średniowiecznych monet polskich (1876) Pieczątka Sulkona kasztelana z roku 1243 (1877) Notatki numizmatyczne (1878) O dawnych granicach dyecezyi krakowskiej (1878) Najdawniejszy kodex pergaminowy z archiwum kapituły krakowskiej (1879) Czy system planetarny Kopernika zgadza się z Pismem Świętem (1880) Gobeliny z katedry