Apteka ta dostarczała medykamenty papieżom i Kurii Rzymskiej, a leki przygotowywane według starodawnych karmelitańskich receptur są tam wytwarzane do dziś.
Od 1607 do 1610 roku w kościele wzniesiono transept, chór oraz kopułę.
29 kwietnia 1614 roku włoska kongregacja karmelitów bosych przyjęła, że kościół Santa Maria della Scala (wraz z innym rzymskim kościołem Santa Maria della Vittoria) staną się wzorem dla wszystkich świątyń tego zakonu budowanych na terenie Italii. Wkrótce stały się one też modelowe dla karmelitańskich kościołów we Francji, Belgii, Austrii i w Niemczech, a także dla ziem polskich. Przykładem świątyni tego typu jest m.in. krakowski kościół Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny.
W 1650 roku, niemal pięćdziesiąt lat po zakończeniu budowy, Carlo Rainaldi zaprojektował ołtarz główny z cyborium.
14 stycznia 1664 roku papież Aleksander VII podniósł godność kościoła do diakonii kardynalskiej. Kościół został odnowiony w latach 30.