Kolejną restaurację nakazał w 1191 papież Celestyn III, wówczas wnętrze kościoła pokryto freskami (z których do dziś pozostały spore fragmenty), renowacji poddano podłogę oraz zmniejszono znacznie okna w apsydzie. W XIII wieku portyk został przekształcony w przedsionek. Dzwonnica kościoła jest datowana na XIV wiek, chociaż są przypuszczenia, że mogła powstać wcześniej. Po ustanowieniu w kościele tytułu kardynalskiego, budynek kościoła poddawany był kilkukrotnym restauracjom. W XX wieku wykonano prace, które miały przywrócić kościół do dawniejszego wyglądu, m.in. ponownie powiększono okna apsydy i otwarto narteks.
Architektura i sztuka Na dziedzińcu przed kościołem zlokalizowana jest studnia z IX wieku.
Wnętrze kościoła jest trójnawowe, z apsydą. Kolumny, zgodnie z legendą, pochodzą ze świątyni Diany, jednak ze względu na ich różny styl bardziej prawdopodobne jest, że pierwotnie były zlokalizowane w różnych budowlach.
Kardynałowie prezbiterzy Kościół św. Jana w Łacińskiej Bramie jest jednym z kościołów tytularnych nadawanych kardynałom prezbiterom (Titulus Sancti Ioannis ante Portam Latinam).