Po sezonie postanowił wrócić do Polski. 16 sierpnia 2018 dołączył do Polskiego Cukru Toruń. Pierwszy mecz ligowy w nowym barwach rozegrał 7 października 2018. W wygranym 76:72 meczu z Treflem Sopot zanotował 12 punktów i 3 zbiórki w niespełna 11 minut na parkiecie. Po rozegraniu 6 spotkań w barwach toruńskiej drużyny Karnowski musiał się poddać operacji ścięgna Achillesa, która wyeliminowała go z gry na kilka tygodni. Po powrocie do zdrowia zdążył rozegrać jeszcze tylko 3 spotkania w sezonie 2018/19. Na przestrzeni całych rozgrywek notował średnio 6,2 punktu i 2,7 zbiórki w czasie niespełna 12 minut na mecz. Jego następnym klubem był Stelmet Zielona Góra, z którym podpisał kontrakt w sierpniu 2020 roku. Miał to być dla niego powrót do gry po rocznej przerwie, gdyż ostatni mecz rozegrał 5 maja 2019 roku. Jednak jego problemy zdrowotne znowu dały o sobie znać, przez co w zielonogórskiej drużynie nie rozegrał ani jednego spotkania. Do gry wrócił dopiero w sezonie 2021/22, znowu w barwach toruńskiej ekipy. Ze względów zdrowotnych Karnowski rozegrał zaledwie 9 spotkań, notując średnio 3,3 punktu i 2,2 zbiórki w 10 minut na mecz.