Najstarsze wzmianki o parafii kłomnickiej pochodzą z 1404 roku i informują o jedenastu wsiach do niej należących, co w dużej mierze odpowiada obszarowi dzisiejszej gminy. W dokumentach z lat 1405, 1406 i 1415 pojawiają się wzmianki o wydarzeniach i osobach (Pietrasz, pleban Maciej oraz Sławnik), które wskazują, że historia parafii była jeszcze wcześniejsza niż ta potwierdzona źródłowo.
Wydane w 1521 roku przez arcybiskupa Jana Łaskiego „Liber Beneficiorum” opisuje parafię obejmującą – oprócz Kłomnic – także wsie: Rzerzęczyce, Rzeki, Pacierzów, Karczewice, Garnek, Konary, Zawada, Lipicze i Bartkowice. Większość informacji z późniejszych wieków, aż do końca XVIII stulecia, dotyczy właśnie parafii i jej kościoła.
Pierwotna świątynia była drewniana i powstała jeszcze w XIV wieku, prawdopodobnie z fundacji rodu Kłomnickich. Na początku XVIII wieku, ze względu na zły stan techniczny, popadła w ruinę. Wkrótce potem, dzięki fundacji J. Leszczyńskiej, wojewodziny kaliskiej, wzniesiono nowy, również drewniany kościół. Niestety po 36 latach, w 1764 roku, świątynia spłonęła i przez pewien czas funkcjonowała jedynie kaplica.