W 1919 dowodził dywizją, korpusem i grupą wojsk Armii URL w walkach z Armią Czerwoną i Siłami Zbrojnymi Południa Rosji gen. Antona Denikina. Po wydaniu 6 grudnia 1919 przez rząd URL rozkazu demobilizacji rozwiązał oddziały Strzelców Siczowych. Początkowo przebywał w polskim obozie internowanych w Łucku, wiosną 1920 został zwolniony i z pełnomocnictwami Symona Petlury wyjechał do Czechosłowacji w celu uzyskania poparcia Ukraińców galicyjskich dla sformowania brygady Armii URL z żołnierzy Ukraińskiej Armii Halickiej (UHA) internowanych w Czechosłowacji i byłych jeńców wojennych armii austro-węgierskiej z niewoli włoskiej. Zdecydowany sprzeciw Jewhena Petruszewycza uniemożliwił realizację tego planu.
W sierpniu 1920 Konowalec uczestniczył w utworzeniu z byłych żołnierzy Strzelców Siczowych i UHA Ukraińskiej Organizacji Wojskowej (UWO). W 1921 przybył do Lwowa i objął funkcję komendanta naczelnego UWO. W 1922 ożenił się z Olhą Fedak, córką znanego lwowskiego adwokata Stepana Fedaka. Zagrożony aresztowaniem przez władze polskie wyjechał do Czechosłowacji, dalej Niemiec, Szwajcarii i Włoch.