Struktura organizacyjna.. Biuro Administracyjno-Finansowe Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Ministra Biuro Zarządzania Kryzysowego i Ochrony Informacji Niejawnych Departament Gospodarki Nieruchomościami Departament Gospodarki Przestrzennej i Budownictwa Departament Mieszkalnictwa Departament Orzecznictwa I Departament Orzecznictwa II Departament Transportu Morskiego i Bezpieczeństwa Żeglugi Departament Dróg i Autostrad Departament Lotnictwa Departament Polityki Transportowej i Współpracy Międzynarodowej Departament Transportu Drogowego Departament Transportu Kolejowego Departament Funduszy UE Departament Budżetu Departament Kontroli Departament Prawny Gabinet Polityczny Sekretariat Krajowej Rady Bezpieczeństwa Ruchu Drogowego
Organy podległe lub nadzorowane przez Ministra Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej Główny Inspektor Nadzoru Budowlanego; Generalny Dyrektor Dróg Krajowych i Autostrad; Prezes Urzędu Transportu Kolejowego; Główny Inspektor Transportu Drogowego; Prezes Urzędu Lotnictwa Cywilnego.