Próby przypodobania się nazistom i współpraca z nimi końcowo okazały się bezowocne. skład rządu został aresztowany przez Niemców. Adolf Hitler był bowiem zdecydowanie przeciwny koncepcji powstania państwa ukraińskiego, planując większość Słowian wymordować, pozostałych zaś przekształcić w niewolniczą siłę roboczą imperialnej III Rzeszy.
Stećko został aresztowany 9 lipca 1941 i zawieziony do Berlina, gdzie pozwolono mu z wolnej stopy składać zeznania w Głównym Urzędzie Bezpieczeństwa Rzeszy. W tym czasie napisał dla śledczych swój życiorys, w którym m.in. poparł niemieckie metody eksterminacji Żydów na Ukrainie. 15 lipca 1941 osadzony w więzieniu na Alexanderplatz w Berlinie. Podczas ostatecznych rozmów, prowadzonych we wrześniu 1941 w Berlinie w gmachu byłej ambasady polskiej pomiędzy przedstawicielami Abwehry i OUN (B), zarówno Stepan Bandera, jak i Jarosław Stećko kategorycznie odmówili odwołania deklaracji niepodległości Ukrainy. W konsekwencji po pobycie w więzieniu Moabit Stećko został w początku 1942 roku osadzony w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen (oddział dla więźniów specjalnych tzw. Zellenbau, gdzie przebywali m.in. Stefan Rowecki, kanclerz Austrii Kurt Schuschnigg i premier Francji Edouard Daladier).