Jeszcze w 2006 roku zajął drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones oraz triumfował w południowoamerykańskich rozgrywkach Copa Sudamericana.

Premierowego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej Rodríguez strzelił 25 lutego 2007 w wygranej 4:3 konfrontacji z Tecos UAG i w tym samym sezonie Clausura 2007 po raz drugi osiągnął z Pachucą tytuł mistrza Meksyku. W tamtym roku triumfował również ze swoją ekipą w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharze Mistrzów CONCACAF, a także w SuperLidze i zajął drugie miejsce w superpucharze Ameryki Południowej – Recopa Sudamericana. Wziął także udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, które Pachuca ukończyła ostatecznie na szóstej lokacie. W 2008 roku kolejny raz triumfował w północnoamerykańskim Pucharze Mistrzów, dzięki czemu ponownie wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata; tym razem ukończył je na czwartym miejscu. W wiosennym sezonie Clausura 2009 zanotował z Pachucą tytuł wicemistrzowski oraz zajął drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze.