W 1919 został skierowany przez Komitet Centralny partii do pracy w Komisji Nadzwyczajnej do Walki z Kontrrewolucją i Sabotażem – WCzK. Działał w moskiewskiej organizacji Czeki, jako zastępca szefa oddziału moskiewskiego, biorąc aktywny udział w zwalczaniu członków organizacji kontrrewolucyjnych, m.in. "Nacjonalnyj centr". Od 1921 do wiosny 1922 był szefem Wydziału Zagranicznego Wszechrosyjskiej Komisji Nadzwyczajnej przy Ludowym Komisariacie Spraw Wewnętrznych RFSRR, następnie Wydziału Zagranicznego Zjednoczonego Państwowego Zarządu Politycznego, rozwijając działalność zagraniczną wywiadu. W 1922 został skierowany na Zakaukazie, będąc jednocześnie dowódcą wewnętrznych i pogranicznych wojsk Federacji Zakaukaskiej. Jego zastępcą był Ławrientij Beria. Mogilewski kierował pracą wywiadowczą m.in. wobec Turcji i Iranu.

Za zlikwidowanie powstania mienszewików w Gruzji odznaczony Orderem Czerwonego Sztandaru (1924).

Zginął 22 marca 1925 w wypadku lotniczym z Aleksandrem Miasnikowem i Gieorgijem Atarbekowem na skutek pożaru samolotu Junkers F 13, lecącego na konferencję do Suchumi (istnieją przypuszczenia, że mógł zostać zlikwidowany przez Berię;