Józef Majer zainicjował działalność Komisji Antropologicznej AU, przewodniczył jej w latach 1874–1892 oraz redagował wydawnictwo Komisji „Zbiór Wiadomości Antropologicznych krajowych”, a wcześniej powołał do życia Komisję Fizjograficzną (1865) i Muzeum Przyrodnicze (1870) Towarzystwa Naukowego Krakowskiego, przejęte przez AU. Założył także i redagował (1838–1845) „Rocznik Wydziału Lekarskiego UJ”. W pracach Komisji Antropologicznej AU współpracował z Izydorem Kopernickim. Był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół NaukBolesław Erzepki, Spis członków Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu, Poznań 1896, s. 3..
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Dorobek Jego zainteresowania naukowe obejmowały przede wszystkim antropologię i fizjologię. Jako pierwszy wykładał w Polsce antropologię. Ogłosił szereg prac naukowych, także z przyrodoznawstwa, m.in.: