Santo junior spędził jakiś czas w kubańskim więzieniu po tym, jak władzę przejął Castro. Po wyjściu z więzienia opuścił wyspę i wrócił do Stanów, zabierając całą swoją gotówkę.
Po powrocie do kraju, Santo junior zajął się organizowaniem przestępczych interesów (głównie handel narkotyków). W 1969 roku odbył podróż do Sajgonu, której celem było nawiązanie kontaktów z Sycylijczykami w kwestii dystrybucji heroiny z Indochin do Stanów Zjednoczonych.
Zamieszany był w operację CIA zwaną operacja Mangusta, której jednym z głównych celów było zabicie Fidela Castro. Obok niego udział w tych działaniach brały takie tuzy świata przestępczego, jak Sam Giancana i John Roselli (obaj zostali zamordowani w latach 70.). W kontaktach z CIA posługiwał się przydomkiem Joe Pecora.
W 1975 roku zeznawał (podobnie jak John Roselli) przed specjalną Senacką Komisją Wywiadu (z ang. U.S. Senate Select Committee on Intelligence, w skrócie SSCIA) na temat udziału CIA w operacji Mangusta. W 1978 roku ponownie zeznawał – tym razem przed Komisją Izby Reprezentantów – w sprawie zamachu na prezydenta Johna F. Kennedy’ego.
Posiadał liczne i bliskie kontakty wśród kubańskich uchodźców na Florydzie, od których zdobywał informacje na temat działań CIA, m.in. w sprawie inwazji w Zatoce Świń.