Ostatni okres jego życia Po upadku powstania S. Nakoniecznikow wyszedł z miasta razem z ludnością cywilną i w I połowie października 1944 przybył do Częstochowy, dokąd przeniosła się KG NSZ-ZJ, obejmując ponownie stanowisko zastępcy komendanta głównego NSZ-ZJ. Na tym stanowisku prawdopodobnie usiłował przeforsować w Radzie Politycznej NSZ podporządkowanie podległej mu części Narodowych Sił Zbrojnych AK. Zamierzał także zreorganizować dowództwo Brygady Świętokrzyskiej NSZ-ZJ, odwołując z funkcji jej dowódcy płk. Antoniego Szackiego ps. „Bohun” i wyznaczając na jego miejsce kpt. Włodzimierza Żabę ps. „Żniwiarz”, dotychczasowego szefa sztabu Okręgu VIII Częstochowa. W dniu 18 października 1944 odbyło się w domu tego ostatniego spotkanie Rady Politycznej NSZ, podczas którego S. Nakoniecznikow został mianowany komendantem głównym NSZ-ZJ. Następnego dnia miał on wyjechać z Częstochowy. Po zakończeniu narady, kiedy w mieszkaniu zostali tylko S. Nakoniecznikow i kpt. W. Żaba, weszło do niego dwóch ludzi z Brygady Świętokrzyskiej (w tym prawdopodobnie Otmar Wawrzkowicz ps. „Oleś” – zarazem członek Rady Politycznej NSZ), którzy zabili S. Nakoniecznikowa i kpt. W. Żabę. Został on pochowany w Częstochowie, pod fałszywym nazwiskiem, w grobie rodzinnym Żabów.