Sezon ten zakończył z dwudziestoma czterema ligowymi występami oraz ośmioma w pucharach europejskich. W dwóch pierwszych latach gry w Niemczech został dwa razy wybrany najlepszym piłkarzem Czech. W następnych sezonach spędzonych w Borussii nie osiągnął większych sukcesów. W Niemczech grał do roku 2006. W tym czasie wystąpił tam w stu czterdziestu dziewięciu ligowych meczach oraz strzelił w nich dziewiętnaście bramek.
Arsenal Do drużyny Arsenalu Rosický przeszedł 23 maja 2006 roku za kwotę sześciu milionów i ośmiuset tysięcy funtów. Otrzymał koszulkę z numerem siedem, którą wcześniej nosił Robert Pirès. W nowej ekipie zadebiutował 8 sierpnia w spotkaniu trzeciej rundy eliminacji Ligi Mistrzów z Dinamem Zagrzeb wygranym przez Arsenal 3:0. W Premier League pierwszy występ zaliczył 28 sierpnia, kiedy to zagrał w przegranym 1:0 wyjazdowym spotkaniu z Manchesterem City. Pierwszego gola dla zespołu zdobył 13 września w meczu z Hamburger SV. Pierwszą żółtą kartkę otrzymał natomiast 26 września w meczu z FC Porto. W tym sezonie doszedł również do finału Pucharu Ligi Angielskiej, w którym Arsenal przegrał 2:1 z Chelsea. Sam Rosický w tym spotkaniu nie wystąpił. W roku 2006 był również jednym z kandydatów do tytułu Piłkarza Roku według FIFA. Ostatecznie nagrodę tę otrzymał Fabio Cannavaro.