Nawy boczne nakrywa sklepienie krzyżowe.
W emporach, po obu stronach nawy głównej umieszczone są medaliony: jedna grupa o tematach symbolicznych i alegorycznych, a druga przedstawia ewangelistów i świętych związanych z zakonem paulińskim.
Na ścianie wschodniej nad kratą rozpięty jest duży obraz olejny na płótnie, prawdopodobnie dzieło paulina o. Felicjana Ratyńskiego, przedstawiający Ucieczkę Szwedów spod twierdzy częstochowskiej (1656 lub 1657) o wymiarach (745 × 750) cm, w przewężeniu 280 cm. Powyżej umieszczono malowidło olejne na płótnie ukazujące Matkę Bożą pogromczynię herezji (1656) o wymiarach (750 × 400) cm, które wypełnia 1/3 ściany łuku tęczowego. Na przeciwległej ścianie, nad chórem na zachodniej półkolistej ścianie kaplicy znajduje się obraz olejny na płótnie ze sceną Zwiastowania (1644) o wymiarach (750 × 400) cm. thumb|250px|Boczny ołtarz ukrzyżowania Chrystusa w kaplicy Matki Bożej thumb|250px|Pietà – Matka Boska Bolesna w ołtarzu bocznym W kaplicy umieszczono sześć ołtarzy. W prawej nawie na ścianie wschodniej znajduje się ołtarz Jezusa ukrzyżowanego (XVII wiek) z krucyfiksem późnogotyckim, datowanym na koniec XV wieku, a pochodzącym przypuszczalnie z kręgu pracowni Wita Stwosza. W tle krzyża umieszczono srebrną blachę z wyobrażeniem męki pańskiej, wykonaną w latach 1764–1765 przez złotnika Jana Szabla.