Po rozpoczęciu wojny w 1941 większość piłkarzy zmobilizowano do wojska. Jeńcami wojennymi zostali Ołeksij Kłymenko, Mykoła Korotkych, Iwan Kuźmenko, Mykoła Trusewicz. Po wyjściu z niewoli razem z innymi piłkarzami z Kijowa w zakładzie piekarskim zorganizowali drużynę Start Kijów. W 1942 piłkarze rozegrali dziewięć meczów towarzyskich (w tym mecz 9 sierpnia 1942 z Flakelf – drużyną niemieckich sił lotniczych – znany jako mecz śmierci). Później trafili do obozu koncentracyjnego, w którym stracono: Ołeksija Kłymenkę, Iwana Kuźmienkę, Mykołę Trusewicza. Mykoła Korotkych jako funkcjonariusz NKWD został zamordowany przez Gestapo.
1946-1961 Po zakończeniu wojny wrócili do drużyny tylko Anton Idzkowski, Mykoła Machynia, Makar Honczarenko. W 1946 Dynamo zajęło przedostatnie miejsce i według regulaminu miało spaść do niższej ligi. Jednak ze względu na wielkie straty podczas wojny drużynę pozostawiono w lidze.
Od 1946 do 1951 dziewięciokrotnie zmieniano trenera. Dopiero od 1951 roku, kiedy zaproszono szkoleniowca Olega Oszenkowa, drużyna zaczęła odnosić oczekiwane sukcesy. Już w następnym sezonie (1952) klub zdobył drugie miejsce po raz drugi w historii, a w 1954 roku pierwszy Puchar ZSRR w piłce nożnej.