Jego pierwszym Prezesem został obrany Wiktor Bezwerchy.
W 1990 roku Dynamo Kijów w Mistrzostwach ZSRR zdobył ostatni, 13. tytuł Mistrza ZSRR oraz po raz dziewiąty Puchar ZSRR.
Dynamo Kijów nigdy nie spadło z najwyższej klasy rozgrywkowej Mistrzostw ZSRR (Dinamo Moskwa również osiągnęło podobny sukces).
1992-2002 Po rozpadzie ZSRR w 1991, klub zaczął swoją przygodę w nowo utworzonej lidze ukraińskiej. W finale play-off Dynamo Kijów przegrał z Tawriji Symferopol 0:1. Potem dziewięć razy z rzędu został Mistrzem Ukrainy.
W 1993 klub przejął na własność Hryhorij Surkis. Nowy właściciel zbudował nową bazę klubu w Koncza-Zaspie, oraz zmodernizował jego infrastrukturę. W 1996 roku Hryhorij Surkis, po wybraniu na stanowisko prezesa Zawodowej Ligi Piłkarskiej Ukrainy, zrzekł się stanowiska prezesa Dynama Kijów na rzecz swojego młodszego brata, Ihora.
W połowie lat 90. Dynamo zaczęło odnosić sukcesy w rozgrywkach europejskich. Doszedł do 1/4 finału w Lidze Mistrzów UEFA sezonu 1997/1998 oraz do półfinału rok później. Po tych sukcesach klub sprzedał swoich liderów do czołowych klubów europejskich. Andrij Szewczenko trafił do A.C. Milanu, Serhij Rebrow do Tottenham Hotspur, Ołeh Łużny do Arsenalu Londyn.