Po powrocie do kraju przebywał w Bieczu, a następnie osiadł w Krakowie ok. 1627 roku. Ożenił się z Katarzyną, córką Jana i Zuzanny Suchockich, która wniosła w posagu m.in. skład solny w Wieliczce (akt prawny przekazania z datą 30 marca 1633 roku). 23 czerwca 1639 roku spisał testament, w którym swój niewielki majątek osobisty i spory księgozbiór zapisał jedynemu synowi Tomaszowi. Zmarł prawdopodobnie w drugiej połowie 1639 roku.
Twórczość Twórczość Jana Jurkowskiego badacze dzielą na: utwory o charakterze politycznym (Lech wzbudzony; Chorągiew Wandalinowa), utwory okolicznościowo-panegiryczne (Pieśni muz sarmackich; Hymenaeusz JMci Pana Jana Baptysty Cekiego; Hymenaeusz Nayiaśnieyszego Monarchy Dymitra Iwanowica; Lutnia na wesele; Muzy na wesele), moralitet (Tragedya o polskim Scilurusie), satyra społeczno-obyczajowa (Poselstwo z Dzikich Pól)Anna Niewolak-Krzywda, Moralista, wizjoner czy towarzysz „frantowskiego cechu”? – Jan Jurkowski, [w:] Pisarze staropolscy. Sylwetki, pod. red. Stanisława Grzeszczuka, Warszawa 1997, tom 2, s. 580..